Nació en Toledo (¿1501?) En una familia ilustre que le permitió acceder a una educación esmerada (probablemente similar a la de los príncipes y en contacto con los humanistas como Pedro Mártir de Anglería) que le permitió desde muy temprano estar al lado del emperador Carlos V, como contino, y llevar a cabo delicadas misiones.

Políticamente apoyó al emperador contra los comuneros y combatió en distintas batallas contra los turcos y contra Francisco I. Tras un desencuentro con Carlos I por asistir a una boda de la que este no era partidario, fue desterrado a una isla del Danubio hasta que, por mediación del Duque de Alba, fue perdonado y enviado a Nápoles para desempeñar labores no estrictamente militares y donde tuvo la oportunidad de entrar en contacto directo con el renacimiento italiano y de implicarse directamente en la vida cultural. Este hecho es fundamental en su evolución poética. 

Una vez reincorporado a la vida militar y tras sufrir heridas en diferentes campañas, fue herido de muerte en el sitio de Fréjus, en la Provenza y murió posteriormente en Niza en octubre de 1536.

Como datos importantes en su biografía desde el punto de vista literario, cabe destacar el matrimonio con Elena de Zúñiga, en 1525, que no tendrá apenas repercusión en su obra, y la relación, un año después de su boda, con doña Isabel Freyre, una dama portuguesa de la emperatriz de la que se enamoró y que parece ser, aunque este dato no está absolutamente comprobado aunque sí admitido, es la Elisa de sus versos.

En este apartado es importante señalar que Garcilaso encarna a la perfección la figura del “cortesano” renacentista según lo definió Baltasar de Castiglione; es una mezcla de hombre de armas y de letras que no solo intervino en importantes misiones y batallas para Carlos I sino que además tenía amplios conocimientos del latín, del griego, del toscano y del francés y una obra poética admirada por sus contemporáneos.